El sistema tiene cuatro instancias básicas: un Comité de Coordinación Regional, una Comisión Técnica de Evaluación, los Equipos ad-hoc de Evaluación Externa (Comités de Pares Académicos) y las Oficinas Técnicas o Unidades Técnicas de Apoyo, Responsables de apoyar y coordinar los Procesos de evaluación en las universidades (una en cada universidad miembro del CSUCA). El Comité de Coordinación Regional está constituido por los Vicerrectores Académicos o de Docencia de las universidades miembros, y las instancias técnicas y académicas del sistema, por los profesores y funcionarios académicos y técnicos designados por el Comité de Coordinación.